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內容簡介: |
生物資訊入門者的必備讀物,非資訊專業者也能快速上手!
生物資訊學(Bioinformatics),主要的精神就是利用個人電腦的計算能力,在原始的生物資料被數位化之後,用資訊科學的方法嘗試解決問題。把過去需要用人工處理的資料,交給電腦自動化處理,產出一個結果交給研究人員進行判讀,解釋出其中的生物意義。這個學門整合了應用數學、資訊科學、統計學去研究生物學,研究的領域也相當廣泛,例如蛋白質結構預測、序列比對、序列重組、基因表現與遺傳演化等等。
本書的目的,就是為了幫助本身非資訊專業的研究者,學會基本的軟體操作能力,善用電腦這項工具,培養足以因應研究所需的「資訊技能」。
透過本書,您可以:
.學會基礎Linux指令,了解重要操作指令。
.學會高通量定序基礎操作,實戰生物資訊入門。
.藉由GPU輔助運算實際展示,感受繪圖卡潛在威力。
.透過研究流程腳本設計,實現計算全自動。
.藉由計算平台設定指南,部署圖形化雲端服務。
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關於作者: |
李鎮宇(EricLee)
一個在求學階段從第一類組到三類組都經歷過的資訊工作者。熱愛寫作閱讀、旅遊還有最新科技。喜歡用文字分享心得,讓知識與經驗得以傳承。寫作題材涉及科技、旅遊、生命科學、社會觀察等領域,常讓人摸不透他的特長為何。用心生活,期許自身的專業可以幫助他人。現旅居海外,為資訊相關領域從業人員。
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目錄:
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第一章:準備工作
1.1從採購新電腦談起
1.2運算伺服器的設定
1.3建立遠端連線
第二章:基本Linux指令介紹
2.1沒有要你當Linux專家
2.2資料夾的操作
2.3檔案的操作
2.4權限的指派分配
2.5了解系統狀態的相關指令
2.6其他實用指令介紹
第三章:序列品質檢查
3.1淺談高通量定序
3.2高通量定序的先天問題
3.3關於品質分數的標準
3.4實戰品質校驗
第四章:序列比對
4.1序列比對的意義
4.2選擇序列比對工具
4.3序列比對的實際操作
4.4序列比對結果轉檔
4.5使用基因體瀏覽器
第五章:繪圖卡輔助運算
5.1繪圖卡的計算優勢
5.2繪圖卡運算的業界標準與使用
5.3生物資訊的實際應用
5.4成效有限的理由
第六章:研究流程建立
6.1實現計算全自動
6.2編寫腳本語言
6.3測試與除錯
6.4實作案例分享
6.5常見失敗案例分析
第七章:雲端圖型化
7.1淺談雲端架構
7.2Amazon雲端平台
7.3開放式生物計算雲端平台
7.4安裝與設定自己的Galaxy伺服器
附錄A:研究生入門:準備期刊文獻報告
附錄B:生物資訊研究相關文獻檢索
附錄C:簡單的資料處理實務
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